Mimo iż swoją karierę kończył w Mediolanie reprezentując barwy zarówno Interu, jak i Milanu, to legendą na zawsze pozostanie w Lazio, dla którego rozegrał dokładnie 401 spotkań, będąc do dzisiaj niedoścignionym rekordzistą pod względem występów w błękitnej koszulce rzymskiego klubu.

Swoją przygodę z piłką młody Giuseppe zaczynał w Cremonense do którego trafił w wieku 15 lat. Popularne Tygrysy, to nie był wówczas jak obecnie zespół dryfujący od sezonu do sezonu w Lega Pro, ale drużyna która walczyła co chwile o awans do Serie A  i wielokrotnie tego dokonywała. Do pierwszej drużyny Favalli trafił, a niedługo później zadebiutował w 1988 roku, a jeszcze w tym samym sezonie drużyna wywalczyła awans do Serie A. W najwyższej włoskiej klasie rozgrywkowej 17-latek od początku był podstawowym stoperem. Zadebiutował w przegranym 2:1 spotkaniu z Interem, a już w czwartej kolejce po raz pierwszy w życiu odwiedził Stadio Olimpico, gdzie Cremonense dosyć niespodziewanie zremisowało z Lazio 1:1 (bramkę dla Rzymian zdobył Ruben Sosa). Favalli rozegrał wówczas łącznie 28 spotkań, ale nie uchronił drużyny przed szybkim spadkiem. Tym razem na powrót klubu do Serie A kibice czekali zaledwie rok i na rozgrywki 91/92 Cremonense ponownie powróciło do elity. Giuseppe był już wówczas niekwestionowaną gwiazdą klubu i transfer do większego zespołu wydawał się tylko kwestią czasu. Przenosinom do Lazio towarzyszyło jednak sporo kontrowersji. Sergio Cragnotti, który rozpoczynał wówczas budowę podwalin pod przyszłe sukcesy Lazio nie oszczędzał i przeznaczył na 20-latka 5 miliardów lirów i ten już w lipcu zameldował się w Rzymie.

Początki w Lazio były trudne. Giuseppe był człowiekiem skrytym, małomównym i raczej nie grzeszył odwagą. Często prosił kierownictwo klubu, aby nie musiał udawać się na konferencje prasowe, na których czuł się szczególnie nieswojo. W drużynie Dino Zoffa szybko staje się jednak kluczową postacią zajmując pozycję lewego środkowego obrońcy. W pierwszych rozgrywkach w nowym barwach omija zaledwie dwa spotkania, zaskakując ekspertów swoją dojrzałością mimo zaledwie 20 wiosen na karku i tego, że jeszcze niedawno grywał w prowincjonalnym Cremonense, a mimo to nie miał problemów odnaleźć się w wielkim Rzymie. Pod koniec sezonu 92/93 strzela swoją pierwszą bramkę w nowych barwach (przeciwko Pescarze), a niedługo później Lazio finiszuje na piątek pozycji w tabeli, co pozwala na pierwszy od prawie piętnastu lat awans do europejskich pucharów.

Drugi sezon w Wiecznym Mieście przynosi dla Favalliego mniej występów. Zawodnika dręczą problemy mięśniowe przez co rozgrywa w Serie A zaledwie 23 spotkania. Zdobywa jedną bramkę przeciwko Napoli, ale również po raz pierwszy wylatuje z boiska za czerwoną kartkę w starciu z Foggią. Rzymianie kończą sezon na czwartym miejscu, ale z posadą żegna się Zoff. W jego miejsce przychodzi Zdenek Zeman i jest to jeden z punktów zwrotnych w karierze urodzonego w Orzinuovi zawodnika.

Mimo iż już w pierwszej kolejce wylatuje z boiska w 75 minucie spotkania z Bari (wygrane 1:0 po bramce Signoriego), to później gdy tylko jest zdrowy gra wszystko od początku do końca. Zauważa to zresztą Arigo Sacchi i powołuje defensora do reprezentacji, gdzie ten debiutuje 8 października podczas wygranego przez Squadra Azzurra 2:0 spotkania z Estonią. W międzyczasie pozycja Lazio idzie coraz bardziej do góry. Sezon 94/95 przynosi wicemistrzostwo Włoch, półfinał Coppa Italia i ćwierćfinał Pucharu UEFA (porażka z Borussią Dortmund). Następne dwa lata, to odpowiednio 3 i 4 miejsce w lidze, a indywidualnie dla Favalliego to 26 i 28 występów. Z końcem sezonu 1997/98 z klubu odchodzi Zeman, a w jego miejsce wkracza Sven Goran Ericksson zaczynając jeden z najpiękniejszych okresów w historii rzymskiego klubu. Pierwszy sezon pod wodzą Szweda jest jednak przeciętny. Biancocelesti kończą go na siódmym miejscu, ale zdobywają swój drugi Puchar Włoch w historii pokonując w finale Milan. Dla Favalliego to pierwsze trofeum w życiu, ale dopiero przedsmak wobec tego co miało się wydarzyć w najbliższych miesiącach.

W tym samym sezonie ma miejsce jedna wielka kontrowersja. 1 listopada 1997 roku mają miejsce Derby Rzymu. Na ławce Giallorossich nie dawno zasiadł Zdenek Zeman co wciąż wywoływało bardzo wiele negatywnych emocji wśród kibiców Lazio. Już w siódmej minucie spotkania dryblującego Damiano Tomassiego podcina Favalli. Faul jakich wiele, szczególnie w derbach, ale ku ogromnemu zdziwieniu arbiter Pierluigi Collina wyciąga czerwony kartonik i odsyła obrońcę do szatni. Na szczęście tak szybka czerwona kartka nie podcina Orłom skrzydeł, a wręcz popycha ich do jeszcze większego wysiłku, co prowadzi do pięknego zwycięstwa 3:1 po trafieniach Manciniego, Nedveda i Casiraghiego. 

Zdobycie mistrzostwa, to wydarzenie które nie zdarza się codziennie. Największą przyjemnością było jednak widzieć radość naszych kibiców. Każdego roku byliśmy wówczas coraz silniejsi. Najlepszy zawodnik z jakim grałem w Lazio? Bez wątpienia Alessandro Nesta - mówił Favalli w niedawnym wywiadzie dla Radiosei.

Następne miesiące przynoszą kolejne wielkie sukcesy. Lazio z Favallim w pierwszym składzie sięga po Scudetto, Puchar Włoch, Superpuchar Włoch, Puchar Zdobywców Pucharów, Superpuchar Europy, dochodzi także do ćwierćfinału Ligi Mistrzów. Sukcesy kończą się po sezonie 2001/02. Lazio wraca do szarej rzeczywistości, gdzie zajmuje odpowiednio szóste i czwarte miejsce. W międzyczasie z klubu wypchnięty zostaje kapitan Alessandro Nesta, który wobec rosnących długów i ogromnych problemów finansowych odchodzi do Milanu. Opaskę kapitańską po wychowanku Lazio przejmuje 30-letni Favalli. Drużyna pod wodzą Roberto Manciniego ponownie zaczyna się rozpędzać, a Giuseppe dopisuje zdrowie. Dzięki temu ma duży wpływ na zdobycie czwartego w historii klubu Pucharu Włoch, czy zajęcie czwartego miejsca w tabeli na koniec rozgrywek 02/03. W następnym sezonie bije swój rekord i występuje łącznie w 43 spotkaniach. Swój ostatni mecz w błękitnych barwach rozgrywa 16 maja 2004 roku w wygranym spotkaniu z Modeną (2:1). Było to jego 401 występ dla Lazio. Liczba, która do dzisiaj nie została pobita i która zapewne jeszcze przez długi czas pobita nie zostanie. Problemy finansowe klubu są jednak wówczas tak duże, że klubu nie stać na przedłużenie kontraktu z Włochem, który najpierw trafia do Interu, a potem do Milanu. Karierę zakończył definitywnie w 2010 roku, w międzyczasie zdobywając jeszcze puchar Ligi Mistrzów z ekipą Rossonerich.

W Lazio do dzisiaj pozostaje legendą i rekordzistą i aż strach pomyśleć do jakiego rozmiaru mógłby wyśrubować rekord rozegranych spotkań, gdyby nie dręczące go urazy ...